2006. Aspirant mangaka dont la carrière peine à décoller, Satoru Fujinuma travaille comme livreur de pizzas pour joindre les deux bouts. Effacé et peu enclin à s'ouvrir aux autres, il observe le monde qui l'entoure sans vraiment y prendre part. Pourtant, Satoru possède un don exceptionnel : à chaque fois qu'un incident ou une tragédie se déroule près de lui, il est projeté quelques minutes dans le passé pour empêcher l'inévitable avant qu'il se produise. Cette anomalie de l'espace-temps lui vaut un séjour à l'hôpital le jour où, pour rattraper le conducteur d'un camion fou, il est percuté par un autre véhicule de plein fouet. Après l'accident, petit à petit, les souvenirs effacés de l'enfance traumatisante de Satoru resurgissent.

Lorsqu'il apprend que Ushio, son amie d'enfance, est décédée, Shimpei décide de retourner sur son île natale, Hitogashima. Là-bas, il se rend vite compte que quelque chose ne tourne pas rond. S'il s'agissait d'une mort accidentelle, pourquoi une autopsie a-t-elle été réalisée ? Qu'a bien pu voir Mio, la petite soeur d'Ushio ? Mais avant de pouvoir répondre à ses questions,Shimpei et Mio sont assassinés par un double de cette dernière. Et voilà que Shimpei se réveille à nouveau sur le bâteau qui le conduit à Hitogashima pour assister à l'enterrement d'Ushio...

Lorsqu'il apprend que Ushio, son amie d'enfance, est décédée, Shimpei décide de retourner sur son île natale, Hitogashima. Là-bas, il se rend vite compte que quelque chose ne tourne pas rond. S'il s'agissait d'une mort accidentelle, pourquoi une autopsie a-t-elle été réalisée ? Qu'a bien pu voir Mio, la petite soeur d'Ushio ? Mais avant de pouvoir répondre à ses questions,Shimpei et Mio sont assassinés par un double de cette dernière. Et voilà que Shimpei se réveille à nouveau sur le bâteau qui le conduit à Hitogashima pour assister à l'enterrement d'Ushio...

2006. Aspirant mangaka dont la carrière peine à décoller, Satoru Fujinuma travaille comme livreur de pizzas pour joindre les deux bouts. Effacé et peu enclin à s'ouvrir aux autres, il observe le monde qui l'entoure sans vraiment y prendre part. Pourtant, Satoru possède un don exceptionnel : à chaque fois qu'un incident ou une tragédie se déroule près de lui, il est projeté quelques minutes dans le passé pour empêcher l'inévitable avant qu'il se produise. Cette anomalie de l'espace-temps lui vaut un séjour à l'hôpital le jour où, pour rattraper le conducteur d'un camion fou, il est percuté par un autre véhicule de plein fouet. Après l'accident, petit à petit, les souvenirs effacés de l'enfance traumatisante de Satoru resurgissent.

1967, dans le sud du Japon. Une longue nuit en ferry s'annonce pour cet étudiant qui revient d'un long voyage. Alors qu'il cherche à oublier une énième déception amoureuse en se plongeant dans ses romans de SF, une intrigante jeune femme s'installe à ses côtés. Elle aussi voyage seule et sans but apparent. D'abord peu bavarde, les yeux dans le vague, elle se rapproche du jeune homme, car il lui rappelle un ancien amour, datant de plusieurs siècles ! Au fil de la conversation, elle lui dévoile son secret : sous ses airs d'étudiante, elle cache une âme vieille de trois milliards d'années ! Ses souvenirs remontent au plus profond des âges, avant même l'apparition de l'humanité. Son récit dépasse toutes les histoires de SF. Cette nuit en compagnie d'Emanon va bouleverser à jamais la vision du monde du jeune voyageur

Lorsqu'il apprend que Ushio, son amie d'enfance, est décédée, Shimpei décide de retourner sur son île natale, Hitogashima. Là-bas, il se rend vite compte que quelque chose ne tourne pas rond. S'il s'agissait d'une mort accidentelle, pourquoi une autopsie a-t-elle été réalisée ? Qu'a bien pu voir Mio, la petite soeur d'Ushio ? Mais avant de pouvoir répondre à ses questions,Shimpei et Mio sont assassinés par un double de cette dernière. Et voilà que Shimpei se réveille à nouveau sur le bâteau qui le conduit à Hitogashima pour assister à l'enterrement d'Ushio...

Grâce aux retours successifs de Shinpei dans le passé, les vérités qui se cachent derrière les événements qui se succèdent sur l'île d'Hitogashima se dévoilent peu à peu.

En route dans les souterrains reliant l'hôpital Hishigata à la grotte de Hiruko, Shinpei et ses amis tombent nez à nez avec l'ombre de Chitose, la mère de Sô et Tokiko, en train d'étrangler son mari. Shinpei le sauve, sans pour autant être sûr d'obtenir des informations sur le dessein d'Heine.

Ushio a failli être effacée par Heine, tandis que Shinpei était entravé par l'ombre à quatre bras. C'est grâce à l'intervention inopinée de Nagumo qu'ils réussissent à repartir pour une cinquième boucle temporelle. Nagumo et Nezu joignent de nouveau leurs forces à Shinpei, mais les événements prennent rapidement un tour inattend

Tandis que Yamato et ses camarades sont attaqués par des bouddhas libérés de leurs fers, Yûto, Oiwa et Yuliya sont kidnappés et retenus en otage par un immense Amitabha couronné. Ils s'aperçoivent qu'ils ne peuvent pas s'enfuir lorsqu'une horde de bouddhas s'approche d'eux...

A Tokyo, un voyant remet à Yamato un bracelet permettant de voyager dans le futur, mais ne pouvant être utilisé qu'une seule fois. Le lycéen est projeté dans un avenir où des statues de bouddhas géantes massacrent les humains. Il s'apprête à retourner dans le présent pour empêcher cette tuerie quand il se rend compte qu'elle se produit seulement cinq minutes après le moment où il est parti.