Avec le réveil des deux Pokémon légendaires Gourdon et Kyogre, la région de Hoenn doit faire face à un terrible danger. Rubis et Saphir sont bien décidés à contrecarrer les plans des Team Aqua et Team Magma. Mais les deux jeunes Dresseurs arriveront-ils à surmonter leurs différences et à s'unir pour la victoire ?