Dans une ville déserte au bord de la mer, Sacha, Pikachu et leurs amis rencontrent Hoopa, le Pokémon fabuleux qui a le talent de faire apparaître des personnes et des Pokémon. Suite à un incident, ils apprennent que les méfaits d'un Pokémon, enfouis depuis bien longtemps, sont prêts à ressurgir.